В един далечен свят избухна конфликт между двете извънземни общества. Вие в играта Clash Of Aliens отидете заедно с един от тях и ще поръчате военните. Вашата армада трябва да се присъедини към битката срещу групата вражески кораби. Ще видите основния си транспорт преди вас на екрана. Под него ще бъде таблото за управление. С него ще изпратите пилотите си да се бият на техните лодки. Те, ако нападнат противника, ще ги заличат и за това ще ви дадат фокуси.